Po zakończeniu II wojny światowej szkoła rozpoczęła działalność od 3 marca 1945 roku, kiedy to zainicjowano zajęcia szkolne w budynku przy ulicy Strzeleckiej 2. Kierownictwo szkoły objął p. Stanisław Dereziński, który funkcję tę pełnił do 1962 roku.
Z biegiem czasu oprócz nauki w budynku przy ulicy Strzeleckiej, uczniowie poszerzali swoją wiedzę w budynku przy ulicy Sienkiewicza 9. Ponieważ zwiększyła się liczba uczniów powstały trudności lokalowe.
W pierwszych miesiącach 1959 roku został złożony wniosek do Kuratora Okręgu Szkolnego Poznańskiego o wyrażenie zgody na budowę nowej szkoły. Wniosek został rozpatrzony pozytywnie i rozpoczęły się prace budowlane. 31.08.1962 roku odszedł na emeryturę kierownik szkoły p. Stanisław Dereziński a jego obowiązki z dniem 1.09.1962 objął p. Edmund Stężała.
Budowę nowej szkoły („tysiąclatki”) przy ulicy Staszica 46 zakończono w grudniu 1965 roku. Mimo poprawy warunków nauki szkoła nie pomieściła wszystkich uczniów. Zajęcia edukacyjne odbywały się także w budynkach przy ulicy Strzeleckiej i Sienkiewicza.
W 1973 roku Szkoła Podstawowa w Ujściu stała się Zbiorczą Szkołą Gminną. Dyrektorem Zbiorczej Szkoły Gminnej zostaje p. Edmund Stężała a zastępcą p. Jan Śnioszek. Rozpoczęły się dowozy uczniów do Zbiorczej Szkoły Gminnej z miejscowości: Chrustowo, Byszki, Nowa Wieś Ujska, Ługi Ujskie, Mirosław.
Z dniem 1 września 1976 roku urlopowany zostaje ze szkolnictwa p. Jan Śnioszek. Funkcję zastępcy gminnego dyrektora obejmuje p. Irena Lorenz.
Stan techniczny budynków przy ulicy Strzeleckiej i Sienkiewicza mimo dużych nakładów remontowych coraz bardziej pogarszał się. Z uwagi na powyższe, a także na brak c.o. (grzano w piecach kaflowych) konieczne było wyłączenie z zajęć budynków przy ulicy Strzeleckiej i Sienkiewicza.
W roku 1984 na emeryturę odszedł p. Edmund Stężała. Począwszy od września 1984 roku funkcję dyrektora Szkoły Podstawowej w Ujściu pełnili: p. Longin Gradowski oraz p. Gabriela Przewoźniak. Z dniem
1 września 1989 r. kierowanie Szkołą Podstawową w Ujściu powierzono p. Ryszardowi Wielgoszowi.
W związku z wprowadzeniem reformy oświaty i powstaniu gimnazjów od 1 września 1999 roku nastąpiło pogorszenie sytuacji lokalowej. W budynku szkolnym przy ulicy Staszica 46 funkcjonowały dwie placówki oświatowe. Trudna sytuacja lokalowa stała się siłą napędową do rozpoczęcia prac adaptacyjnych i przystosowania budynku byłego przedszkola na potrzeby szkoły oraz wybudowania środowiskowej sali sportowej, służącej także lokalnej społeczności. Budynek przedszkola przy ul. Czarnkowskiej 31 został poddany pracom adaptacyjnym w roku 2001.
1 września roku szkolnego 2002/2003 nastąpiło uroczyste rozpoczęcie pracy w nowym budynku szkolnym. Szkoła obejmuje swym obwodem dzieci z Ujścia, Chrustowa, Byszek i Ługów Ujskich.
4 listopada 2005 roku szkoła przyjęła imię Jana Pawła II.
